Cañizares será el encargado de velar por la liturgia y la celebración de los sacramentos, uno de los aspectos a los que el actual Pontificado da mayor importancia, como se ha visto con la celebración de los dos últimos sínodos, uno sobre la Eucaristía y el otro sobre «La palabra de Dios en la vida y en la misión de la Iglesia».
El nuevo prefecto de la Congregación para el Culto Divino nació en Utiel, Valencia, el 15 de octubre de 1945. Doctor en Teología con la especialidad en catequesis por la Universidad Pontificia de Salamanca, fue ordenado sacerdote en 1970.
Ejerció de vicepárroco en la parroquia de Santa María de Alcoy (Valencia) hasta 1973 y fue profesor de Teología fundamental en la Universidad Pontificia de Salamanca y en el Seminario Mayor de Madrid.
El 6 de marzo de 1992 fue nombrado obispo de Ávila y el 10 de noviembre de 1995 fue designado miembro de la Congregación para la Doctrina de la Fe.
El 20 de diciembre de 1996 fue nombrado arzobispo de Granada y el 24 de octubre de 2002 arzobispo de Toledo, en sustitución del cardenal Francisco Álvarez.
El 24 de marzo de 2006 fue creado cardenal en el primer consistorio convocado por el papa Benedicto XVI, que le asignó, asimismo el título de la basílica romana de San Pancracio, como signo de su participación en el cuidado pastoral de la Ciudad Eterna.
En la Curia Romana, el cardenal Cañizares era desde el 8 de abril de 2006 miembro de la Pontificia Comisión Ecclesia Dei y de la Congregación para la Doctrina de la Fe desde el 6 de mayo de 2006.
El cardenal Cañizares se ha pronunciado con dureza contra algunas leyes del Gobierno español, como la de matrimonios homosexuales, la ley Orgánica de Educación (LOE) y su asignatura Educación para la Ciudadanía y la Ley del divorcio, entre otras.
El 4 de marzo de 2008 fue relevado como vicepresidente de la Conferencia Episcopal Española (CEE) por Ricardo Blázquez, obispo de Bilbao. Cañizares forma parte del Comité Ejecutivo y de la Comisión Permanente de la CEE.