Juande dejó al Tottenham en el último puesto de la Premier inglesa, después de ejercer el cargo desde el 27 de octubre de 2007 hasta el 25 de octubre de 2008. Sin embargo, llevó al club londinense a conseguir su primer título desde 1999, la Copa de la Liga tras imponerse en la final al Chelsea por 2-1. Era el quinto título de Juande en 16 meses.
Antes de su etapa inglesa, Juande hizo carrera en el Sevilla. Metió en las vitrinas del Sevilla cinco títulos -dos copas de la UEFA, una Supercopa de Europa, una Copa del Rey y una Supercopa de España-, los únicos en las últimas seis décadas. Sin embargo, de ser catalogado como «el mejor entrenador de la historia» del Sevilla, en palabras de su presidente, José María Del Nido, pasó a salir del club por la puerta trasera al aceptar la oferta del Tottenham inglés.
Juande nació en la localidad ciudadrealeña de Pedro Muñoz el 25 de septiembre de 1954 y desde que tenía 8 años vivió en Elche, donde se desarrolló como futbolista. Jugó como centrocampista ofensivo y llegó a estar durante cuatro temporadas con el Elche en Primera División, pero una lesión le retiró a los 28 años.
Poco después se inició como entrenador en los juveniles del Elche y durante dos temporadas dirigió al Ilicitano, filial del Elche, y fue segundo entrenador del primer equipo en Segunda División. Entre los años 1992 y 1994 fue titular del banquillo del Alcoyano en Segunda B y en la campaña 1994-95 entrenó al Levante UD, también de Segunda B.
A comienzos de julio de 1995 fichó por el CD Logroñés, recién descendido de la máxima categoría y al que llevó de nuevo a Primera el 20 de mayo de 1996. Posteriormente fue el Barcelona el que lo incorporó a su equipo técnico para dirigir durante dos temporadas a su filial, el Barcelona B (Segunda), en sustitución de Quique Costas.
Los resultados no fueron los apetecidos en el equipo blaugrana, siete victorias en toda la Liga y sólo una de ellas en la segunda vuelta, lo que llevó al equipo a la pérdida de la categoría. En julio de 1997 fue contratado por el Lleida (Segunda) y su debut oficial en este banquillo fue el 30 de agosto cuando precisamente el Sevilla le endosó un rotundo 5-1, resultado que él calificó de «accidente».
El equipo logró la permanencia y pese a la intención del club de renovarle, el 6 de mayo de 1998 se comprometió con el Rayo Vallecano (Segunda) por una temporada, con opción a otra más. Al frente del equipo madrileño, el 30 de mayo de 1999 lo llevó a Primera División al derrotar al Extremadura en la eliminatoria de promoción, haciendo valer la opción del segundo año para permanecer en el banquillo.
En la 1999-2000 el equipo estuvo siempre en la parte alta de la tabla y acabó en décima posición, su mejor clasificación en los 76 años de historia. Además, logró una plaza para la Copa de la UEFA por sorteo entre 15 equipos más deportivos del continente.
En junio de 2001 dio por cerrada una exitosa etapa en el Rayo, después de no alcanzar unas condiciones deportivas exigidas por el técnico para renovar, y firmó por el Real Betis, que acababa de retornar a Primera. En el equipo sevillano, superó con creces el objetivo inicial de mantenerlo en Primera al dejarlo en la sexta posición de la clasificación, con puesto para disputar la UEFA, pero la falta de un acuerdo para su renovación le llevó a fichar el 17 de mayo de 2002 por el Espanyol.
En el club barcelonés, unas duras declaraciones sobre el consejo de administración del club y los malos resultados le llevaron al cese el 19 de octubre. En junio de 2003 regresó a Andalucía para dirigir al Málaga CF (Primera) durante una sola temporada, en la que dejó al equipo en la décima posición de la tabla.
Tras un año sabático, en junio de 2005 fichó por el Sevilla al ocupar la vacante dejada por Joaquín Caparrós, y desde entonces la escalada del equipo fue meteórica, hasta el punto de que el equipo llegó a encabezar la clasificación mundial de clubes de la IFFHS.