Agirre fue arrestada junto al portavoz de Batasuna Joseba Álvarez, y tres días después de su detención Garzón ordenó el ingreso en prisión de ambos por un delito de pertenencia a ETA. El magistrado acusó a Álvarez de reincidir en esta integración, al estar ya procesado en el sumario 35/02 -seguido para investigar la subordinación de Batasuna a ETA y la financiación de la banda a través de las «herriko tabernas»-, mientras que a Agirre le imputó este delito por primera vez por participar en ruedas de prensa en nombre de Askatasuna tras haber sido apercibida judicialmente.
Garzón motivó la detención de Agirre y Álvarez en que los dos participaron, organizaron, convocaron o indujeron a la manifestación ilegal del 9 de septiembre en apoyo de los presos de ETA, en la que fue detenido el portavoz de Askatasuna Juan María Olano.
Sus últimas actuaciones
Además, consideró que sus últimas actuaciones fueron «coadyuvantes con aquella otra acción violenta» que desarrolla «la vanguardia armada», es decir, la banda terrorista ETA.