Así, en mayo de 1993, fue hallada ante la vivienda Lisa, de 9 meses, junta a una carta manuscrita de Elisabeth en la que explicaba que ya era madre de dos criaturas y que no podía atender al bebé. Esa misma fórmula fue empleada por Fritzl para adoptar, un año y medio después a Monika, de 10 meses y, de nuevo, a Alexander, de 15 meses, en agosto de 1997. Otros tres niños vivieron con su madre sin ver nunca la luz del sol.
El día 16 de abril del 2008, la mayor de las hijas-nietas de Josef, Kerstin, de 19 años, apareció en el domicilio de los Fritzl, inconsciente y gravemente enferma. Su ingreso en el hospital disparó la investigación policial, que incluyó la toma de muestra de ADN de sus abuelos, de los otros niños y de la saliva encontrada en los sobres enviados por Elisabeth. El 26 de abril, Josef y Elisabeth fueron localizados cerca del hospital donde estaba ingresada Kerstin y conducidos a comisaría.
Elisabeth, que ahora tiene 42 años, declaró que su padre la violaba desde que tenía 11 años, que en 1984 la encerró en el sótano y que durante sus 24 años de cautiverio fue violada sistemáticamente. También contó que en 1996 dio luz a gemelos, uno de los cuales falleció, supuestamente por falta de atención médica, y que su cadáver fue incinerado por su padre.
Josef fue detenido por orden de la Fiscalía de Sankt Pölten y confirmó parte del testimonio de Elisabeth. Las pruebas de ADN confirmaron la paternidad de los seis hijos vivos de Elisabeth.
En mayo, la prensa austríaca reveló que Fritzl ya había cometido varios delitos sexuales en la década de los 60, que ya habían prescrito y cuyo registro había sido borrado cuando solicitó y obtuvo la adopción de sus hijos-nietos. El 2 de junio, la oficina del fiscal confirmó que Fritzl actuó solo y descartó que hubiera tenido ayuda de terceros para mantener encerrada a su hija durante 24 años.
Una semana después, las autoridades anunciaron que Kerstin había salido del coma inducido y confirmaron su buen estado de salud. La joven se trasladó a vivir con su madre y sus cinco hermanos a la clínica donde fueron trasladados tras desvelarse el caso.
Un informe psiquiátrico confirmó en octubre que Josef Fritzl goza de plenas facultades mentales y puede ser enjuiciado. A finales de ese mes, una parte del informe psiquiátrico fue filtrado a la prensa sensacionalista, con la confesión de Fritzl de que encerró durante años a su madre en una habitación de la que tapió las ventanas para que no viera nunca la luz de sol. En sus entrevistas con el psiquiatra, el acusado había asegurado que fue víctima de malos tratos por parte de su madre.
Cargos
El día 13 de noviembre, la Fiscalía publicó el pliego de acusación, que incluye los cargos de asesinato, esclavitud, violación, privación de libertad, coacción e incesto. Esa acusación implica que puede ser condenado a cadena perpetua, al entender que es responsable de la muerte, poco después de nacer, de uno de los siete niños fruto de las violaciones a su hija.
A finales de diciembre se hizo público que Elisabeth y sus seis hijos se habían traslado a vivir a un domicilio particular, que se ha mantenido en secreto.
El día 22 de enero, la Audiencia Provincial de Sankt Pölten confirmó que el proceso contra el conocido como «carcelero de Amstetten» se celebrará entre los días 16 y 20 de marzo, día que se espera sea emitido el veredicto.