Pinilla había sido citada en el Juzgado para responder por la procedencia de 378.000 euros en metálico que se encontraron en una caja fuerte depositada en una entidad de ahorro, aunque se ha negado a declarar.
La excalcaldesa figura como imputada en la Operación Molinos por los presuntos delitos de cohecho, tráfico de influencias, malversación de caudales públicos, prevaricación y blanqueo de capitales, entre otros delitos.
María Victoria Pinilla fue detenida en marzo de 2009. También, su entonces marido, Juan Antonio Embarba y uno de sus hijos, y otras personas más.